Аналізи ДНК в Україні
Всі аналізи/Панелі (секвенування NGS)
Представляет собой панель из 52 генов, которая включает оценку некодирующих вариантов. Идеально подходит для пациентов с любым типом холестаза, включая пациентов с клиническим подозрением на синдром Алажилля, цитруллинемию 2 типа, синдром Криглера-Наджара 1 и 2 типов, синдром Дубина-Джонсона, синдром Жильбера, внутрипеченочный холестаз беременных 3 типа или прогрессирующий семейный внутрипеченочный холестаз 1-4 типов.
Холестаз характеризуется желтухой и зудом. Он может проявляться как характерный признак прогрессирующего семейного внутрипеченочного холестаза ((PFIC) ) или как признак других наследственных заболеваний, таких как синдром Алажиля, при котором холестаз возникает в 95% случаев в неонатальном периоде. PFIC представляет собой группу аутосомно-рецессивных заболеваний печени, обусловленных нарушением секреции желчи и характеризующихся внутрипеченочным холестазом с началом заболевания, как правило, в младенчестве и детстве. У пациентов с PFIC обычно развивается фиброз и терминальная стадия заболевания печени до наступления совершеннолетия. Дефекты в ассоциированных с холестазом генах ATP8B1 и ABCB11 также могут вызывать более легкое заболевание, называемое доброкачественным рецидивирующим внутрипеченочным холестазом. Существует несколько других наследственных заболеваний, при которых часто встречается холестаз, например синдром Алажиля (JAG1 и NOTCH2), артрогрипоз, почечная дисфункция и синдром холестаза (синдром ARC; VPS33B и VIPAS39), дефицит альфа-1-антитрипсина (SERPINA1), цитруллинемия (SLC25A13). ), врожденные дефекты синтеза желчных кислот (HSD3B7 и AKR1D1), семейная гиперхоланемия (TJP2 и BAAT) и синдром неонатального ихтиоза-склеротического холангита (CLDN1).
Распространенность PFIC неизвестна, в то время как распространенность других причин холестаза следующая: Дубина-Джонсона 1:1300 у иранских или марокканских евреев, синдром Алажиля 1:30000, синдром Криглера-Наджара 1:1000000. Распространенность синдрома Жильбера составляет 3-7%, но он вызывает только аномальные лабораторные данные, но не клинические симптомы.
Ген | Ассоциированный фенотип | Наслед.* | ClinVar** | HGMD** |
---|---|---|---|---|
ABCB11 | холестаз, холестаз, доброкачественный рецидивирующий внутрипеченочный, 2 | AD/AR | 35 | 299 |
ABCB4 | Заболевания желчного пузыря, Низкофосфолипид-ассоциированный холелитиаз, Холестаз | AD/AR | 27 | 224 |
ABCC2 | Синдром Дубина-Джонсона | AD/AR | 29 | 46 |
AKR1D1 | Дефект синтеза желчных кислот, врожденный, 2 | AR | 7 | 14 |
ATP8B1 | Внутрипеченочный холестаз беременных, Семейный внутрипеченочный холестаз, рецидивирующий, Холестаз, прогрессирующий семейный внутрипеченочный, Доброкачественный рецидивирующий внутрипеченочный холестаз | AD/AR | 18 | 131 |
BAAT | Гиперхоланемия, семейная | AR | 3 | 7 |
CFTR | Муковисцидоз, Врожденное двустороннее отсутствие семявыносящего протока | AD/AR | 518 | 1803 |
CLDN1 | Ихтиоз, лейкоцитарные вакуоли, алопеция и склерозирующий холангит | AR | 3 | 4 |
CREB3L3 | Гипертриглицеридемия | AD | 9 | |
CYP7B1 | Дефект синтеза желчных кислот, спастическая параплегия 5А, аутосомно-рецессивный | AR | 18 | 60 |
DCDC2 | Глухота, нефронофтиз, склерозирующий холангит, неонатальный | AR | 13 | 9 |
DGUOK | Синдром истощения митохондриальной ДНК, портальная гипертензия, нецирротическая, прогрессирующая наружная офтальмоплегия с делециями митохондриальной ДНК, аутосомно-рецессивный 4 | AR | 23 | 62 |
EPCAM | Диарея 5, с тафтинговой энтеропатией, врожденная, колоректальный рак, наследственный неполипоз | AD/AR | 38 | 80 |
FAH | Тирозинемия | AR | 53 | 102 |
HSD3B7 | Дефект синтеза желчных кислот, врожденный, 1 | AR | 8 | 25 |
JAG1 | Синдром Алажиля | AD | 131 | 610 |
LCT | Дефицит лактазы | AR | 11 | 15 |
LIPA | Болезнь Вольмана, болезнь накопления эфиров холестерина | AR | 27 | 93 |
LMF1 | Комбинированный дефицит липазы | AR | 4 | 14 |
MKS1 | синдром Барде-Бидля, синдром Меккеля | AR | 50 | 52 |
MPV17 | Синдром истощения митохондриальной ДНК | AR | 35 | 50 |
MYO5B | Диарея с атрофией микроворсинок | AR | 14 | 80 |
NEUROG3 | Диарея, мальабсорбция, врожденная | AR | 3 | 8 |
NOTCH2 | синдром Алажиля, синдром Хайду-Чейни | AD | 37 | 70 |
NPC1 | Болезнь Ниманна-Пика | AR | 164 | 472 |
NPC2 | Болезнь Ниманна-Пика | AR | 21 | 27 |
NPHP1 | Нефронофтиз, синдром Жубера, синдром Сениора-Локена | AR | 19 | 76 |
NPHP3 | Нефронофтиз, почечно-печеночно-панкреатическая дисплазия, синдром Меккеля | AR | 38 | 75 |
NPHP4 | Нефронофтиз, синдром Сениора-Локена | AR | 20 | 113 |
NR1H4 | Холестаз, прогрессирующий семейный внутрипеченочный 5 | AR | 6 | 5 |
PEX1 | Синдром Геймлера, нарушение фактора биогенеза пероксисом 1A, нарушение фактора биогенеза пероксисом 1B | AR | 112 | 134 |
PEX10 | Адренолейкодистрофия, неонатальный, синдром Зеллвегера, нарушение биогенеза пероксисом, атаксия | AR | 34 | 29 |
PEX12 | Синдром Зеллвегера, нарушение биогенеза пероксисом | AR | 43 | 37 |
PEX2 | Синдром Зеллвегера, нарушение биогенеза пероксисом | AR | 16 | 18 |
PEX26 | Адренолейкодистрофия, неонатальный, синдром Зельвегера, нарушение биогенеза пероксисом | AR | 13 | 27 |
PEX5 | Адренолейкодистрофия, неонатальная, ризомелическая точечная хондродисплазия, синдром Зеллвегера, нарушение биогенеза пероксисом | AR | 8 | 14 |
PEX6 | Синдром Геймлера, нарушение биогенеза пероксисом 4A, нарушение биогенеза пероксисом 4B | AR | 58 | 107 |
SCYL1 | Спиноцеребеллярная атаксия, аутосомно-рецессивная 21 | AR | 12 | 6 |
SERPINA1 | Дефицит альфа-1-антитрипсина | AR | 49 | 80 |
SLC25A13 | Дефицит цитрина | AR | 24 | 113 |
SLC26A3 | Диарея, секреция хлоридов, врожденная | AR | 55 | 88 |
SLCO1B1 | Гипербилирубинемия, роторный тип, дигенная | AD/Digenic | 3 | 5 |
SLCO1B3 | Гипербилирубинемия, роторный тип, дигенная | Digenic | 2 | 7 |
SMPD1 | Болезнь Ниманна-Пика | AR | 110 | 249 |
SPINT2 | Диарея, секреторная натриевая, врожденная | AR | 6 | 12 |
TJP2 | Холестаз, прогрессирующий семейный внутрипеченочный, Гиперхоланемия, семейный, Глухота, аутосомно-доминантный 51 | AD/AR | 25 | 27 |
TMEM216 | синдром Жубера, синдром Меккеля | AR | 17 | 8 |
TRMU | Печеночная недостаточность, инфантильная, обратимая инфантильная недостаточность дыхательной цепи | AR | 20 | 21 |
TTC37 | Трихогепатоэнтеральный синдром, синдром аутовоспалительной панцитопении | AR | 12 | 64 |
UGT1A1 | синдром Криглера-Наджара, синдром Жильбера, желтуха грудного молока | AD/AR | 29 | 144 |
VIPAS39 | Артрогрипоз, почечная дисфункция и холестаз 2 | AR | 8 | 13 |
VPS33B | Артрогрипоз - почечная дисфункция - холестаз | AD/AR | 17 | 58 |
* Тип наследования: аутосомно-доминантный (AD), аутосомно-рецессивный (AR), митохондриальный (mi), Х-сцепленный (XL), Х-сцепленный доминантный (XLD) и Х-сцепленный рецессивный (XLR);
** ClinVar, HGMD - количество вариантов гена, классифицированных как патогенные или вероятно патогенные в базе данных ClinVar, HGMD.
В панель разрешается добавить дополнительные гены (до 200), которые связаны с симптомами, и удалить любые гены (чтобы осталось не меньше 2). Стоимость панели может меняться, а именно:
- малая панель 2-25 генов ,
- средняя панель 26-125 генов ,
- большая панель более 126 генов .
Если анализ выявил варианты, являющиеся возможной причиной болезни, можно проверить наличие этих вариантов у родителей. Анализ отдельных мутаций по Сэнгеру.
Если анализ не выявил вариантов, являющиеся возможной причиной болезни, можно расширить тестирование до полного экзома Расширение панели до полного экзома. Кроме того, возможно бесплатно получить сырые данные и делать повторную оценку каждые несколько лет. Возможно, со временем науке станут известны новые генетические факторы заболевания.
Требования сдачи крови натощак нет (легкий завтрак и незадолго до взятия крови выпить 1-2 стакана обычной негазированной воды; детей обязательно поить негазированной водой порциями, до 150-200 мл, в течение 30 минут), в день сдачи крови не употреблять медикаменты (включая витамины и БАД), накануне исключить прием жареной и жирной пищи, исключить за 32 часа алкоголь.
Проводится забор венозной крови в пробирку с ЭДТА 4 мл.
Необходимо предоставить (взять с собой или прислать нам на электронную почту) заключение врача с подробной клинической картиной (описание симтомов, диагноз/предварительный диагноз) и фото исследуемого пациента (если есть фенотипически значимые особенности), заполнить в электронном виде анкету.
Во всех случаях по результатам секвенирования необходимо получить консультацию врача-генетика.