Аналізи ДНК в Україні
Всі аналізи/Панелі (секвенування NGS)
Панель Цилиопатии представляет собой панель из 119 генов, которая включает оценку некодирующих вариантов. Идеально подходит для пациентов с клиническим подозрением на синдром Барде-Бидля, синдром Жубера, синдром Меккеля, нефронофтиз с дистрофией сетчатки или без нее или сложный фенотип цилиопатии.
Не подходит для пациентов с первичной цилиарной дискинезией или изомерией/гетеротаксией. Для пациентов с подозрением на первичную цилиарную дискинезию рекомендуется панель первичной цилиарной дискинезии. Для пациентов с изомерией/гетеротаксией рекомендуется панель Гетеротаксии и Траспозиции органов.
Цилиопатии представляют собой группу заболеваний, возникающих в результате аномального образования или функции ресничек. Известно, что мутации цилиарного гена вызывают фенотипы отдельных органов, а также сложные синдромы. Цилиопатии имеют широкий спектр фенотипов, охватывающих ряд различных аутосомно-рецессивных, доминантных и Х-сцепленных синдромов. Поскольку реснички являются компонентом почти всех клеток, дисфункция ресничек может проявляться набором признаков, включающих дегенерацию сетчатки, заболевания почек и пороки развития головного мозга. Дополнительные признаки могут включать врожденные фиброзно-кистозные заболевания печени и поджелудочной железы, диабет, ожирение и скелетные дисплазии. Цилиопатии могут возникать в результате мутации в одном локусе у одного пациента, в то время как мутации, затрагивающие несколько разных локусов, могут в то же время приводить к сходному фенотипу у других пациентов. Цилиопатии могут быть классифицированы в соответствии с наличием аберрантной функции в интактной ресничке или полным отсутствием/потерей зрелой реснички. Последнее относится к тяжелым полиорганным фенотипам.
Ген | Ассоциированный фенотип | Наслед.* | ClinVar** | HGMD** |
---|---|---|---|---|
ACVR2B | Гетеротаксия, висцеральная, 4, аутосомная | AD | 1 | 2 |
ADAMTS9 | 1 | |||
AHI1 | синдром Жубера | AR | 62 | 93 |
ALMS1 | синдром Альстрема | AR | 197 | 302 |
ANKS6 | нефронофтиз | AR | 9 | 12 |
ARL13B | синдром Жубера | AR | 11 | 10 |
ARL3 | Пигментный ретинит, синдром Жубера | AD/AR | 1 | |
ARL6 | Синдром Барде-Бидля, пигментный ретинит | AR | 14 | 21 |
ARMC9 | Синдром Жубера 30 | AR | 12 | 11 |
ATXN10 | Спиноцеребеллярная атаксия | AD | 5 | 4 |
B9D1 | Синдром Меккеля | AR | 7 | 10 |
B9D2 | Синдром Меккеля | AR | 8 | 4 |
BBIP1 | Синдром Барде-Бидля 18 | AR | 1 | 1 |
BBS1 | Синдром Барде-Бидля | AR | 66 | 103 |
BBS10 | Синдром Барде-Бидля | AR | 90 | 107 |
BBS12 | Синдром Барде-Бидля | AR | 36 | 58 |
BBS2 | Синдром Барде-Бидля, пигментный ретинит | AR | 58 | 91 |
BBS4 | Синдром Барде-Бидля | AR | 25 | 53 |
BBS5 | Синдром Барде-Бидля | AR | 18 | 31 |
BBS7 | Синдром Барде-Бидля | AR | 19 | 43 |
BBS9 | Синдром Барде-Бидля | AR | 27 | 52 |
C21ORF2 | Дистрофия сетчатки с макулярной стафиломой или без нее (RDMS), спондилометафизарная дисплазия, аксиальная (SMDAX) | AR | 13 | 22 |
C2CD3 | Орофациодигитальный синдром XIV | AR | 9 | 10 |
C5ORF42 | Орофациодигитальный синдром, синдром Жубера | AR | 97 | 103 |
C8ORF37 | Пигментный ретинит, колбочковая дистрофия, синдром Барде-Бидля 21 | AR | 8 | 17 |
CC2D2A | Синдром COACH, синдром Жубера, синдром Меккеля | AR | 76 | 91 |
CENPF | Цилиарная дискинезия — летальная цилиопатия | AR | 13 | 8 |
CEP104 | синдром Жубера | AR | 7 | 5 |
CEP120 | Короткореберная грудная дисплазия 13 с полидактилией или без нее | AR | 9 | 9 |
CEP164 | нефронофтиз | AR | 11 | 9 |
CEP19 | Морбидное ожирение и недостаточность сперматогенеза, синдром Барде-Бидля | AR | 2 | 2 |
CEP290 | синдром Барде-Бидля, врожденный амавроз Лебера, синдром Жубера, синдром Сениора-Локена, синдром Меккеля | AR | 130 | 289 |
CEP41 | синдром Жубера | AR/Digenic | 7 | 11 |
CEP55 | Многоядерные нейроны, ангидрамнион, дисплазия почек, гипоплазия мозжечка и гидранэнцефалия (MARCH) | 4 | 2 | |
CEP83 | нефронофтиз | AR | 10 | 10 |
CPE | Ожирение, тяжелые формы и диабет II типа | AR | 2 | |
CRB2 | Очаговый сегментарный гломерулосклероз, вентрикуломегалия с кистозной болезнью почек | AR | 12 | 22 |
CSPP1 | Асфиксирующая торакальная дистрофия Женя, синдром Жубера | AR | 32 | 27 |
DCDC2 | Глухота, нефронофтиз, склерозирующий холангит, неонатальный | AR | 13 | 9 |
DDX59 | Орофациодигитальный синдром V | AR | 2 | 6 |
DHCR7 | Синдром Смита-Лемли-Опица | AR | 88 | 217 |
DYNC2H1 | Короткореберная дисплазия грудной клетки с полидактилией 1 типа или без нее, Короткореберная дисплазия грудной клетки с полидактилией 3 типа или без нее, Асфиксирующая грудная дисплазия (ATD; Jeune), SRPS тип 2 (Majewski) | AR/Digenic | 148 | 205 |
DYNC2LI1 | Короткореберная грудная дисплазия 15 с полидактилией | AR | 19 | 14 |
EVC | Акрофациальный дизостоз Вейера, синдром Эллиса-ван Кревельда | AD/AR | 58 | 83 |
EVC2 | Синдром Эллиса-ван Кревелда, акродентальный дизостоз Вейера | AD/AR | 78 | 75 |
FAM58A | Синдактилия пальцев стопы, телекантус, аногенитальные и почечные пороки развития (синдром STAR) | XL | 8 | 11 |
FAN1 | Интерстициальный нефрит, кариомегалия | AR | 12 | 21 |
GLI2 | Синдром Каллера-Джонса | AD | 29 | 82 |
GLI3 | Акрокаллезный синдром, синдром Паллистера-Холла, синдром цефалополисндактилии Грига, постаксиальная полидактилия типа А, преаксиальная полидактилия 3 типа, преаксиальная полидактилия 4 типа | AD | 70 | 235 |
GLIS2 | нефронофтиз | AR | 3 | 3 |
HYLS1 | Гидролетальный синдром | AR | 3 | 2 |
ICK | Эндокринно-цереброостеодисплазия, эпилепсия, ювенильная миоклония | AD/AR | 1 | 3 |
IFT122 | Синдром Сенсенбреннера, Краниоэктодермальная дисплазия (Левина-Сенсенбреннера) 1 типа, Краниоэктодермальная дисплазия (Левина-Сенсенбреннера) 2 типа | AR | 13 | 23 |
IFT140 | Короткореберная грудная дисплазия с полидактилией или без нее, Асфиксирующая грудная дисплазия (ATD; Jeune) | AR | 38 | 63 |
IFT172 | Пигментный ретинит, короткореберная дисплазия грудной клетки с полидактилией или без нее, асфиксирующая торакальная дисплазия (ATD; Jeune) | AR | 22 | 25 |
IFT27 | Синдром Барде-Бидля 19 | AR | 1 | 4 |
IFT43 | Краниоэктодермальная дисплазия 3 | AR | 4 | 7 |
IFT52 | Короткореберная грудная дисплазия 16 с полидактилией или без нее | AR | 3 | 4 |
IFT57 | 1 | 2 | ||
IFT74 | Синдром Барде-Бидля 20 | 2 | 4 | |
IFT80 | Короткореберная грудная дисплазия с полидактилией или без нее, Асфиксирующая грудная дисплазия (ATD; Jeune) | AR | 11 | 11 |
IFT81 | Короткореберная торакальная дисплазия с полидактилией, конусо-стержневая дистрофия, аутосомно-рецессивная | AR | 4 | 9 |
INPP5E | Синдром Жубера, умственная отсталость, ожирение туловища, дистрофия сетчатки и микропенис (синдром MORM) | AR | 25 | 50 |
INTU | 4 | 11 | ||
INVS | нефронофтиз | AR | 16 | 34 |
IQCB1 | Синдром Сениора-Локена | AR | 24 | 41 |
KIAA0556 | Синдром Жубера 26 | AR | 2 | 2 |
KIAA0586 | Короткореберная грудная дисплазия с полидактилией, синдром Жубера | AR | 29 | 31 |
KIAA0753 | Орофациодигитальный синдром XV | AR | 6 | 7 |
KIF14 | Синдром Меккеля 12 | AR | 9 | 16 |
KIF7 | Акрокаллезный синдром, гидролетальный синдром, синдром Аль-Газали-Бакалинова, синдром Жубера | AR/Digenic | 24 | 44 |
LEFTY2 | Пороки развития лево-правой оси | AD | 1 | 3 |
LZTFL1 | Синдром Барде-Бидля 17 | AR | 6 | 3 |
MAPKBP1 | Нефронофтиз 20 | AR | 6 | 7 |
MKKS | Синдром Барде-Бидля, синдром МакКьюсика-Кауфмана | AR | 21 | 59 |
MKS1 | синдром Барде-Бидля, синдром Меккеля | AR | 50 | 52 |
NEK1 | Короткореберная грудная дисплазия с полидактилией или без нее, SRPS тип 2 (Маевский) | AR/Digenic | 22 | 23 |
NEK8 | нефронофтиз | AR | 16 | 18 |
NODAL | Гетеротаксия, висцеральная | AD | 4 | 15 |
NPHP1 | Нефронофтиз, синдром Жубера, синдром Сениора-Локена | AR | 19 | 76 |
NPHP3 | Нефронофтиз, почечно-печеночно-панкреатическая дисплазия, синдром Меккеля | AR | 38 | 75 |
NPHP4 | Нефронофтиз, синдром Сениора-Локена | AR | 20 | 113 |
OFD1 | Синдром Симпсона-Голаби-Бемеля, пигментный ретинит, орофациодигитальный синдром, синдром Жубера | XL | 153 | 160 |
PDE6D | Синдром Жубера 22 | AR | 3 | 1 |
PIBF1 | 4 | 8 | ||
PKD1 | Поликистоз почек | AD | 237 | 1923 |
PKD2 | Поликистоз почек | AD | 55 | 333 |
PKHD1 | Поликистоз почек | AR | 249 | 557 |
PMM2 | Врожденное нарушение гликозилирования | AR | 76 | 128 |
PNPLA6 | синдром Лоуренса-Муна, синдром Буше-Нойхаузера, спастическая параплегия 39 | AR | 26 | 58 |
POC1B | Колбочково-стержневая дистрофия 20 | AR | 4 | 7 |
RPGRIP1L | Синдром COACH, синдром Жубера, синдром Меккеля, дегенерация сетчатки при цилиопатии, модификатор | AR | 39 | 49 |
SCAPER | Дистрофия сетчатки, пигментный ретинит | AR | 4 | 7 |
SCLT1 | Синдром Сениора-Локена, дистрофия сетчатки | AR | 3 | |
SDCCAG8 | синдром Барде-Бидля, синдром Сениора-Локена | AR | 14 | 18 |
SUFU | Медуллобластома, синдром базально-клеточного невуса | AD | 22 | 44 |
TCTEX1D2 | Короткореберная торакальная дисплазия 17 с полидактилией или без нее, асфиксирующая торакальная дистрофия Jeune | AR | 4 | 6 |
TCTN1 | синдром Жубера | AR | 6 | 6 |
TCTN2 | синдром Жубера, синдром Меккеля | AR | 20 | 15 |
TCTN3 | Orofaciodigital синдром (синдром Мора-Маевского), синдром Жубера | AR | 9 | 12 |
TMEM107 | синдром Жубера | AR | 10 | 3 |
TMEM138 | синдром Жубера | AR | 6 | 8 |
TMEM216 | синдром Жубера, синдром Меккеля | AR | 17 | 8 |
TMEM231 | синдром Жубера, синдром Меккеля | AR | 12 | 19 |
TMEM237 | синдром Жубера | AR | 7 | 11 |
TMEM67 | Нефронофтиз, синдром COACH, синдром Жубера, синдром Меккеля | AR | 87 | 170 |
TRAF3IP1 | Синдром Сениора-Локена 9 | AR | 11 | 15 |
TRIM32 | синдром Барде-Бидля, мышечная дистрофия, конечностно-поясная | AR | 13 | 16 |
TTC21B | Короткореберная грудная дисплазия, нефронофтиз, асфиксирующая грудная дисплазия (ATD; Jeune) | AR | 23 | 63 |
TTC8 | Синдром Барде-Бидля, пигментный ретинит | AR | 5 | 16 |
USP9X | Умственная отсталость, Х-сцепленный 99, Умственная отсталость, Х-сцепленный 99, синдромальный, женский ограниченный | XL | 30 | 27 |
WDPCP | синдром Меккеля-Грубера, модификатор, синдром Барде-Бидля, врожденные пороки сердца, гамартомы языка и полисиндактилия | AR | 6 | 8 |
WDR19 | Пигментный ретинит, нефронофтиз, короткореберная грудная дисплазия с полидактилией или без нее, синдром Сениора-Локена, краниоэктодермальная дисплазия (Левина-Сенсенбреннера) 1 типа, краниоэктодермальная дисплазия (Левина-Сенсенбреннера) 2 типа, асфиксирующая торакальная дисплазия (ATD; Jeune) | AR | 33 | 43 |
WDR34 | Короткореберная грудная дисплазия с полидактилией или без нее, Асфиксирующая грудная дисплазия (ATD; Jeune) | AR | 18 | 21 |
WDR35 | Краниоэктодермальная дисплазия (Левина-Сенсенбреннера) 1 типа, Краниоэктодермальная дисплазия (Левина-Сенсенбреннера) 2 типа, Синдром короткореберной полидактилии 5 типа | AR | 28 | 31 |
WDR60 | Короткореберная грудная дисплазия 8 с полидактилией или без нее | AR | 12 | 13 |
XPNPEP3 | Нефронофтизоподобная нефропатия 1 | AR | 3 | 2 |
ZIC3 | Гетеротаксия, висцеральная, ассоциация VACTERL, врожденные пороки сердца, несиндромальная | XL | 15 | 41 |
ZNF423 | Нефронофтиз, синдром Жубера | AD/AR | 10 | 7 |
* Тип наследования: аутосомно-доминантный (AD), аутосомно-рецессивный (AR), митохондриальный (mi), Х-сцепленный (XL), Х-сцепленный доминантный (XLD) и Х-сцепленный рецессивный (XLR);
** ClinVar, HGMD - количество вариантов гена, классифицированных как патогенные или вероятно патогенные в базе данных ClinVar, HGMD.
В панель разрешается добавить дополнительные гены (до 200), которые связаны с симптомами, и удалить любые гены (чтобы осталось не меньше 2). Стоимость панели может меняться, а именно:
- малая панель 2-25 генов ,
- средняя панель 26-125 генов ,
- большая панель более 126 генов .
Если анализ выявил варианты, являющиеся возможной причиной болезни, можно проверить наличие этих вариантов у родителей. Анализ отдельных мутаций по Сэнгеру.
Если анализ не выявил вариантов, являющиеся возможной причиной болезни, можно расширить тестирование до полного экзома Расширение панели до полного экзома. Кроме того, возможно бесплатно получить сырые данные и делать повторную оценку каждые несколько лет. Возможно, со временем науке станут известны новые генетические факторы заболевания.
Требования сдачи крови натощак нет (легкий завтрак и незадолго до взятия крови выпить 1-2 стакана обычной негазированной воды; детей обязательно поить негазированной водой порциями, до 150-200 мл, в течение 30 минут), в день сдачи крови не употреблять медикаменты (включая витамины и БАД), накануне исключить прием жареной и жирной пищи, исключить за 32 часа алкоголь.
Проводится забор венозной крови в пробирку с ЭДТА 4 мл.
Необходимо предоставить (взять с собой или прислать нам на электронную почту) заключение врача с подробной клинической картиной (описание симтомов, диагноз/предварительный диагноз) и фото исследуемого пациента (если есть фенотипически значимые особенности), заполнить в электронном виде анкету.
Во всех случаях по результатам секвенирования необходимо получить консультацию врача-генетика.