Аналізи ДНК в Україні
Всі аналізи/Панелі (секвенування NGS)
Представляет собой панель из 67 генов, которая включает оценку некодирующих вариантов. Кроме того, он также включает наследуемый по материнской линии митохондриальный геном.
Идеально подходит для пациентов с клиническим подозрением на моногенный диабет или неонатальный сахарный диабет.
Моногенный диабет состоит из гетерогенной группы типов диабета, вызванных мутациями в отдельных генах, которые, по оценкам, составляют 1-2% всех случаев сахарного диабета. Основные фенотипы, указывающие на основную моногенную причину, включают сахарный диабет новорожденных, диабет молодых в зрелом возрасте (MODY) и другие очень редкие синдромы, связанные с диабетом.
Перманентный неонатальный сахарный диабет — моногенная форма неонатального диабета, характеризующаяся персистирующей гипергликемией в течение первых 12 мес жизни в целом (средний возраст дебюта — девять недель), требующая непрерывного лечения инсулином. Начальные клинические проявления включают гипергликемию, глюкозурию, задержку внутриутробного развития, осмотическую полиурию, тяжелое обезвоживание и отсутствие набора массы тела. Преходящая форма неонатального сахарного диабета обычно проходит к 18-месячному возрасту. Многие пациенты обнаруживают некоторую степень нарушения координации развития. Частота неонатального сахарного диабета оценивается 1:100 000 живорождений. Около 50% случаев являются постоянными и 50% преходящими. Это состояние было зарегистрировано во всех этнических группах и в равной степени поражает младенцев мужского и женского пола. Неонатальный диабет чаще всего вызывается мутациями в генах KCNJ11 (34%), ABCC8 (24%), INS (13%) и GCK (4%). Клинические проявления различаются в зависимости от основного генетического дефекта. В случаях, связанных с KCNJ11 и ABCC8, пациенты обычно обращаются в возрасте до трех месяцев с симптоматической гипергликемией и часто с кетоацидозом. Приблизительно 25% пациентов с мутациями в гене KCNJ11 имеют связанные неврологические симптомы, включая задержку развития и эпилепсию (DEND-синдром) или более легкую форму без судорог и с менее выраженной задержкой развития. В случаях с мутацией в гене INS, у пациентов отмечается выраженная гипергликемия или диабетический кетоацидоз в среднем через девять недель, но у некоторых в более позднем возрасте. Пациенты с мутацией в GCK, имеют перманентный инсулинозависимый диабет с первого дня жизни.
Диабет молодых (MODY) является аутосомно-доминантной наследственной формой диабета и составляет 1-2% людей с диабетом. MODY — редкая клинически и генетически гетерогенная форма диабета, характеризующаяся молодым возрастом дебюта (чаще 10–45 лет) с развитием инсулиннезависимого диабета до 25 лет. Кроме того, также были отмечены аномалии кровеносных сосудов сетчатки (ретинопатия) и почек, а также врожденные аномалии из-за осложнений диабета. Лица с MODY обычно не имеют истории ожирения или метаболического синдрома, сопровождающего гипергликемию. Многим людям с MODY неправильно диагностируют диабет 1 или 2 типа. MODY является наиболее распространенной формой моногенного диабета с распространенностью 1:10 000 у взрослых и 1:23 000 у детей. Приблизительно в 80% случаев ошибочно диагностируется диабет 1 или 2 типа, что усложняет оценку распространенности и заболеваемости. Генетическое тестирование обычно проводится только у пациентов с классическими признаками MODY. Однако только 50% пациентов с генетически диагностированным MODY соответствуют классическим критериям. Установление диагноза MODY существенно влияет на клиническое ведение. Гетерозиготные мутации в HNF1A, HNF4A и GCK составляют более 90% всех MODY с известной генетической причиной. Пациенты с мутациями HNF1A и HNF4A имеют медленно прогрессирующую дисфункцию бета-клеток, и лечение низкими дозами сульфонилмочевины приводит к стабильному или улучшенному гликемическому контролю и улучшению качества жизни, связанного с лечением диабета, по сравнению с терапией инсулином или метформином. MODY с мутациями GCK имеет уникальный фенотип легкой непрогрессирующей гипергликемии с показателем гликированного гемоглобина обычно <7% (53 ммоль/моль). Это не связано с повышенным риском микро- и макрососудистых осложнений, наблюдаемых при других формах диабета. Как правило, лечение не изменяет уровень гликированного гемоглобина. Молекулярная диагностика MODY позволяет прекратить фармакологическую терапию и снизить частоту медицинского наблюдения.
Ген | Ассоциированный фенотип | Наслед.* | ClinVar** | HGMD** |
---|---|---|---|---|
ABCC8 | Гиперинсулинемическая гипогликемия, Диабет, постоянный неонатальный, Гипогликемия, индуцированная лейцином, Сахарный диабет, транзиторный неонатальный, Легочная артериальная гипертензия (ЛАГ) | AD/AR | 170 | 641 |
APPL1 | Диабет зрелого возраста у молодых, тип 14 | AD | 2 | 2 |
BLK | Диабет зрелого возраста у молодых | AD | 5 | 9 |
CEL | Диабет зрелого возраста у молодых, тип 8 | AD | 4 | 13 |
EIF2AK3 | СЭД, типа Уолкотта-Раллисона | AR | 9 | 80 |
FOXP3 | Иммунодисрегуляция, полиэндокринопатия и энтеропатия | XL | 28 | 93 |
GATA6 | Пороки сердца, врожденные и другие врожденные аномалии, дефект межпредсердной перегородки 9, дефект межпредсердной перегородки 5, персистирующий артериальный ствол, тетрада Фалло | AD | 16 | 82 |
GCK | Гиперинсулинемическая гипогликемия, семейная, Сахарный диабет, перманентный неонатальный, Сахарный диабет зрелого возраста у молодых, тип 2 | AD/AR | 178 | 837 |
GLIS3 | Сахарный диабет новорожденных с врожденным гипотиреозом | AR | 7 | 18 |
GLUD1 | Гипераммониемия-гиперинсулинизм, Гиперинсулинемическая гипогликемия | AD/AR | 14 | 38 |
HADH | Дефицит 3-гидроксиацил-КоА-дегидрогеназы | AR | 10 | 26 |
HNF1A | Сахарный диабет молодых с началом в зрелом возрасте, почечно-клеточная карцинома, непапиллярные светлоклеточные клетки, аденоматоз печени | AD | 78 | 528 |
HNF1B | Почечно-клеточный рак, непапиллярный хромофоб, почечные кисты и диабетический синдром | AD | 35 | 234 |
HNF4A | Врожденный гиперинсулинизм, чувствительный к диазоксиду, диабет зрелого возраста у молодых, ренотубулярный синдром Фанкони 4 с диабетом зрелого возраста у молодых | AD | 32 | 147 |
INS | Сахарный диабет, перманентный неонатальный, Гиперпроинсулинемия, семейный, с диабетом или без него, Диабет зрелого возраста у молодых | AD/AR | 33 | 78 |
INSR | Гиперинсулинемическая гипогликемия, семейная, синдром Рабсона-Менденхолла, синдром Донохью | AD/AR | 44 | 190 |
KCNJ11 | Гиперинсулинемическая гипогликемия, Диабет, постоянный неонатальный, Сахарный диабет, транзиторный неонатальный, Диабет в зрелом возрасте у молодых 13, Унаследованные от отца мутации могут вызывать очаговую аденоматозную гиперплазию | AD/AR | 63 | 178 |
KLF11 | Диабет зрелого возраста у молодых | AD | 1 | 4 |
MT-ATP6 | Нейропатия, атаксия и пигментный ретинит, наследственная оптическая невропатия Лебера, атаксия и полинейропатия, с началом во взрослом возрасте, кардиомиопатия, инфантильная гипертрофическая, синдром Ли, стриатонигральная дегенерация, инфантильная, митохондриальная | Mitochondrial | 19 | |
MT-ATP8 | Кардиомиопатия, апикальная гипертрофическая и нейропатия, Кардиомиопатия, инфантильная гипертрофическая | Mitochondrial | 4 | |
MT-CO1 | Миоглобинурия, рецидивирующая, наследственная оптическая нейропатия Лебера, сидеробластная анемия, дефицит цитохром-С-оксидазы, глухота, митохондриальная | Mitochondrial | 17 | |
MT-CO2 | Дефицит цитохром с оксидазы | Mitochondrial | 8 | |
MT-CO3 | Дефицит цитохром с оксидазы, наследственная оптическая нейропатия Лебера | Mitochondrial | 9 | |
MT-CYB | Mitochondrial | 69 | ||
MT-ND1 | Митохондриальная миопатия, энцефалопатия, лактоацидоз и инсультоподобные эпизоды, наследственная оптическая нейропатия Лебера, атрофия и дистония зрительного нерва Лебера | Mitochondrial | 21 | |
MT-ND2 | Наследственная оптическая нейропатия Лебера, дефицит митохондриального комплекса I | Mitochondrial | 6 | |
MT-ND3 | Атрофия и дистония зрительного нерва Лебера, дефицит митохондриального комплекса I | Mitochondrial | 7 | |
MT-ND4 | Наследственная оптическая нейропатия Лебера, атрофия и дистония зрительного нерва Лебера, дефицит митохондриального комплекса I | Mitochondrial | 11 | |
MT-ND4L | Наследственная оптическая нейропатия Лебера | Mitochondrial | 2 | |
MT-ND5 | Миоклоническая эпилепсия с рваными красными волокнами, митохондриальная миопатия, энцефалопатия, лактоацидоз и инсультоподобные эпизоды, наследственная оптическая нейропатия Лебера, дефицит митохондриального комплекса I | Mitochondrial | 19 | |
MT-ND6 | Митохондриальная миопатия, энцефалопатия, лактоацидоз и инсультоподобные эпизоды, онкоцитома, наследственная оптическая нейропатия Лебера, атрофия и дистония зрительного нерва Лебера, дефицит митохондриального комплекса I | Mitochondrial | 16 | |
MT-RNR1 | Глухота, митохондриальная | Mitochondrial | 3 | |
MT-RNR2 | Токсичность/резистентность к хлорамфениколу | Mitochondrial | 2 | |
MT-TA | Mitochondrial | 4 | ||
MT-TC | Митохондриальная миопатия, энцефалопатия, лактоацидоз и инсультоподобные эпизоды | Mitochondrial | 3 | |
MT-TD | Mitochondrial | 1 | ||
MT-TE | Диабет-синдром глухоты, Митохондриальная миопатия, инфантильная, транзиторная, Митохондриальная миопатия при сахарном диабете | Mitochondrial | 5 | |
MT-TF | Миоклоническая эпилепсия с рваными красными волокнами, нефропатия, тубулоинтерстициальная, энцефалопатия, митохондриальная, эпилепсия, митохондриальная, миопатия, митохондриальная, митохондриальная энцефаломиопатия с лактоацидозом и инсультоподобными эпизодами | Mitochondrial | 7 | |
MT-TG | Mitochondrial | 3 | ||
MT-TH | Mitochondrial | 4 | ||
MT-TI | Mitochondrial | 7 | ||
MT-TK | Миоклоническая эпилепсия с рваными красными волокнами, синдром Лея | Mitochondrial | 5 | |
MT-TL1 | Дефицит цитохром-с-оксидазы, миоклоническая эпилепсия с рваными красными волокнами, митохондриальная миопатия, энцефалопатия, лактоацидоз и инсультоподобные эпизоды, диабет-синдром глухоты, синдром циклической рвоты, СВДС, восприимчивость к | Mitochondrial | 14 | |
MT-TL2 | Митохондриальное мультисистемное заболевание, прогрессирующая наружная офтальмоплегия, митохондриальная миопатия, митохондриальная энцефаломиопатия с лактоацидозом и инсультоподобными эпизодами | Mitochondrial | 5 | |
MT-TM | Синдром Лея, митохондриальное мультисистемное расстройство | Mitochondrial | 1 | |
MT-TN | Прогрессирующая наружная офтальмоплегия, митохондриальное мультисистемное заболевание | Mitochondrial | 3 | |
MT-TP | Mitochondrial | 2 | ||
MT-TQ | Митохондриальное мультисистемное расстройство | Mitochondrial | 2 | |
MT-TR | Энцефалопатия, митохондриальная | Mitochondrial | 2 | |
MT-TS1 | Миоклоническая эпилепсия с рваными красными волокнами, митохондриальная миопатия, энцефалопатия, лактоацидоз и инсультоподобные эпизоды | Mitochondrial | 10 | |
MT-TS2 | Митохондриальное мультисистемное расстройство | Mitochondrial | 2 | |
MT-TT | Mitochondrial | 5 | ||
MT-TV | Гипертрофическая кардиомиопатия (ГКМП), синдром Ли, митохондриальное мультисистемное заболевание, митохондриальная энцефаломиопатия с лактоацидозом и инсультоподобными эпизодами | Mitochondrial | 3 | |
MT-TW | Синдром Ли, миопатия, митохондриальная | Mitochondrial | 8 | |
MT-TY | Митохондриальное мультисистемное расстройство | Mitochondrial | 4 | |
NEUROD1 | Диабет зрелого возраста у молодых | AD/AR | 3 | 18 |
NEUROG3 | Диарея, мальабсорбция, врожденная | AR | 3 | 8 |
PAX4 | Сахарный диабет | AD | 3 | 10 |
PDX1 | Агенезия поджелудочной железы, неонатальный сахарный диабет, диабет зрелого возраста у молодых, тип 4, молочнокислая ацидемия из-за дефицита PDX1 | AD/AR | 10 | 28 |
PPARG | Инсулинорезистентность, липодистрофия, семейная, частичная | AD/Digenic (Severe digenic insulin resistance can be due to digenic mutations in PPP1R3A and PPARG) | 19 | 49 |
PTF1A | Агенезия поджелудочной железы и мозжечка, Агенезия поджелудочной железы 2 | AR | 4 | 16 |
RFX6 | Гипоплазия поджелудочной железы, атрезия кишечника и аплазия или гипоплазия желчного пузыря с трахеопищеводным свищом или без него, синдром Мартинеса-Фриаса, синдром Митчелла-Райли | AR | 10 | 31 |
SLC16A1 | Гиперинсулинемическая гипогликемия, семейная, дефект транспортера лактата в эритроцитах, дефицит транспортера монокарбоксилата 1, миоклонико-атоническая эпилепсия | AD/AR | 12 | 14 |
SLC2A2 | Болезнь накопления гликогена, синдром Фанкони-Биккеля, неонатальный сахарный диабет | AR | 24 | 73 |
UCP2 | Гиперинсулинизм | AD/AR | 7 | |
WFS1 | Синдром Вольфрама, Вольфрамоподобный синдром, аутосомно-доминантный, Глухота, аутосомно-доминантный 14.06.38, Катаракта 41 | AD/AR | 69 | 362 |
ZFP57 | Сахарный диабет, транзиторный неонатальный, 1 | AD | 7 | 15 |
* Тип наследования: аутосомно-доминантный (AD), аутосомно-рецессивный (AR), митохондриальный (mi), Х-сцепленный (XL), Х-сцепленный доминантный (XLD) и Х-сцепленный рецессивный (XLR);
** ClinVar, HGMD - количество вариантов гена, классифицированных как патогенные или вероятно патогенные в базе данных ClinVar, HGMD.
В панель разрешается добавить дополнительные гены (до 200), которые связаны с симптомами, и удалить любые гены (чтобы осталось не меньше 2). Стоимость панели может меняться, а именно:
- малая панель 2-25 генов ,
- средняя панель 26-125 генов ,
- большая панель более 126 генов .
Если анализ выявил варианты, являющиеся возможной причиной болезни, можно проверить наличие этих вариантов у родителей. Анализ отдельных мутаций по Сэнгеру.
Если анализ не выявил вариантов, являющиеся возможной причиной болезни, можно расширить тестирование до полного экзома Расширение панели до полного экзома. Кроме того, возможно бесплатно получить сырые данные и делать повторную оценку каждые несколько лет. Возможно, со временем науке станут известны новые генетические факторы заболевания.
Требования сдачи крови натощак нет (легкий завтрак и незадолго до взятия крови выпить 1-2 стакана обычной негазированной воды; детей обязательно поить негазированной водой порциями, до 150-200 мл, в течение 30 минут), в день сдачи крови не употреблять медикаменты (включая витамины и БАД), накануне исключить прием жареной и жирной пищи, исключить за 32 часа алкоголь.
Проводится забор венозной крови в пробирку с ЭДТА 4 мл.
Необходимо предоставить (взять с собой или прислать нам на электронную почту) заключение врача с подробной клинической картиной (описание симтомов, диагноз/предварительный диагноз) и фото исследуемого пациента (если есть фенотипически значимые особенности), заполнить в электронном виде анкету.
Во всех случаях по результатам секвенирования необходимо получить консультацию врача-генетика.