Зачем нужна клиническая информация для секвенирования?
Дата: 20.11.2023
Статья отмечает важность деталей клинической информации в генетической диагностике, которая помогает точно и быстро интерпретировать генетические данные и избежать нераспознанных вариантов. В частности, предоставляется простая схема для представления важных данных, включая описание симптомов, семейную историю и результаты предыдущих тестов.
Иногда несколько предложений о клинической истории пациента могут упростить или разрушить дело для генетика.
Патогенная мутация или безвредный вариант? Предоставленная клиническая информация может изменить толкование
Диагностика, основанная на секвенировании полного экзома, значительно увеличила количество данных, через которые проникают молекулярные генетики. На уровне экзома можно увидеть около 20 000-35 000 вариантов у любого пациента, и большинство из них вряд ли связано с соответствующим фенотипом. Чем более подробно симптомы будут представлены диагностической лаборатории, тем быстрее можно будет обратить внимание на соответствующие гены.
Многие из нас могут инстинктивно полагать, что исследование экзома выявит все генетические проблемы. На самом деле, во время диагностического тестирования основное внимание сосредоточено и должно быть на том, чтобы найти объяснение симптомов пациента. Благодаря множеству данных клиническая информация дает направление для команды клинической интерпретации.
Информация о фенотипе пациента, семейный анамнез, предварительные медицинские тесты дает нам представление о том, какие типы генов наиболее актуальны для пациента. Хорошая клиническая информация означает более быстрые и более надежные результаты с повышенными шансами поставить диагноз.
Слишком мало клинической информации может привести к появлению большего количества VUS
Задача молекулярного генетика — распознать 1 или 2 вредных варианта из 20 000-35 000, объясняющих фенотип пациента. Легкость задачи зависит от состава панели и качества технологии, а также от наличия клинической информации.
Мы говорим о поиске нужной иглы в стоге сена. То, что мы знаем о пациенте и о семейной истории, влияет на то, насколько хорошо мы сможем провести оценку вариантов и сопоставить клиническую и семейную информацию.
Кроме того, недостаточно клинической информации может привести к большему количеству находок VUS или незарегистрированных вариантов, если нет очевидного соответствия фенотипу.
Вариант неопределенной значимости (VUS, variant of unknown significance) - это генетический вариант, обнаруженный во время тестирования, не имеющий четкой классификации как вредный или безопасный. Такие варианты представляют вызов молекулярным генетикам, поскольку они рассматриваются как потенциально важные, но требуют дополнительного анализа и клинической интерпретации для определения их влияния на здоровье пациента.
Генетическая диагностика – это процесс сотрудничества между лабораторией и клиницистом. Важность предоставления клинической информации является обсуждаемой темой. В документе ACMG 2018 клиницистов призвали предоставить генетическим лабораториям более подробные фенотипические данные и данные семейного анамнеза. На практике это не должно означать более нескольких предложений, и это может иметь большое значение.
Пройти лишнюю милю, чтобы подтвердить результат
Иногда, когда придается конкретный фенотип, генетический диагноз можно определить с помощью специального анализа, превышающего стандартный. Когда оказывается такой вероятный, сложный вариант заболевания, случаи попадают в специализированную группу, работающую над индивидуальными решениями. Потребность в настройке может возникнуть, когда вариант низкого качества проявляется в сложной для определения последовательности или дублированной области, когда наблюдаются странные кластеры SNP или когда другие шаги контроля качества, такие как анализ покрытия, обнаруживают какие-либо отклоняющиеся от нормы события.
Соответствующие клинические данные в сочетании с внимательным изучением необработанных данных могут привести к открытию, которое иначе можно было бы пропустить. Мы можем предоставить такой углубленный анализ только в случаях, когда клинической информации достаточно, а фенотип указывает на определенный генный дефект.
Быстрая и простая схема для предоставления достаточной клинической информации о вашем пациенте
- Точное описание фенотипа – перечислите признаки и симптомы вашего пациента, а также укажите то, что является нормальным для вашего пациента. Сделайте это тщательно. Иногда именно необычная функция является ключевой.
- Видит ли фенотип у вашего пациента синдромальным или несиндромальным?
- Опишите, когда и как у вашего пациента начались симптомы
- Перечислите, какие виды тестирования уже были сделаны, и опишите результаты, включая нормальные.
- Опишите семейную историю болезни.
Секвенирование полного экзома
Молекулярный генетик, биоинформатик