Навіщо потрібна клінічна інформація для секвенування?

Дата: 20.11.2023

Стаття наголошує на важливості деталей клінічної інформації в генетичній діагностиці, яка допомагає точно і швидко інтерпретувати генетичні дані та уникнути нерозпізнаних варіантів. Зокрема, надається проста схема для представлення важливих даних, включаючи опис симптомів, сімейну історію та результати попередніх тестів.

Іноді кілька речень про клінічну історію пацієнта можуть спростити або зруйнувати справу для генетика.

Патогенна мутація чи нешкідливий варіант? Надана клінічна інформація може змінити тлумачення

Діагностика, заснована на секвенуванні повного екзома, значно збільшила кількість даних, через які пробираються молекулярні генетики. На рівні екзома можна побачити близько 20 000-35 000 варіантів у будь-якого пацієнта, і більшість із них навряд чи пов’язані з відповідним фенотипом. Чим детальніше симптоми будуть представлені діагностичній лабораторії, тим швидше можна буде звернути увагу на відповідні гени.

Багато хто з нас може інстинктивно думати, що дослідження екзома виявить усі генетичні проблеми. Насправді під час діагностичного тестування основна увага зосереджена і повинна бути на тому, щоб знайти пояснення симптомів пацієнта. Завдяки величезній кількості даних клінічна інформація дає напрямок для команди клінічної інтерпретації.

Інформація про фенотип пацієнта, сімейний анамнез, попередні медичні тести дає нам уявлення про те, які типи генів є найбільш актуальними для пацієнта. Хороша клінічна інформація означає швидші та надійніші результати з підвищеними шансами поставити діагноз.

Занадто мало клінічної інформації може призвести до появи більшої кількості VUS

Завдання молекулярного генетика — розпізнати 1 або 2 шкідливих варіанти з 20 000-35 000, які пояснюють фенотип пацієнта. Легкість завдання залежить від складу панелі та якості технології, а також від наявності клінічної інформації.

Ми говоримо про пошук потрібної голки в стозі сіна. Те, що ми знаємо про пацієнта та сімейну історію, впливає на те, наскільки добре ми зможемо провести оцінку варіантів і зіставити клінічну та сімейну інформацію.

Крім того, замало клінічної інформації може призвести до більшої кількості знахідок VUS або незареєстрованих варіантів, якщо немає очевидної відповідності фенотипу.

Варіант невизначеної значущості (VUS, variant of unknown significance) - це генетичний варіант, виявлений під час тестування, який не має чіткої класифікації як шкідливий чи безпечний. Такі варіанти становлять виклик для молекулярних генетиків, оскільки вони розглядаються як потенційно важливі, але вимагають додаткового аналізу та клінічної інтерпретації для визначення їх впливу на здоров'я пацієнта.

Генетична діагностика - це процес співпраці між лабораторією та клініцистом. Важливість надання клінічної інформації є обговорюваною темою в галузі. У документі ACMG 2018 року клініцистів закликали надати генетичним лабораторіям більш детальні фенотипові дані та дані сімейного анамнезу. На практиці це не повинно означати більше ніж кілька речень, і це може мати велике значення.

Пройти зайву милю, щоб підтвердити результат

Іноді, коли надається конкретний фенотип, генетичний діагноз можна визначити за допомогою спеціального аналізу, що перевищує стандартний. Коли виявляється такий ймовірний, складний варіант захворювання, випадки потрапляють до спеціалізованої групи, яка працює над індивідуальними рішеннями. Потреба в налаштуванні може виникнути, коли варіант низької якості виявляється у складній для визначення послідовності чи дубльованій області, коли спостерігаються дивні кластери SNP або коли інші кроки контролю якості, такі як аналіз покриття, виявляють будь-які події, що відхиляються від норми.

Відповідні клінічні дані в поєднанні з уважним вивченням необроблених даних можуть призвести до відкриття, яке інакше можна було б пропустити. Ми можемо надати такий поглиблений аналіз лише у випадках, коли клінічної інформації достатньо, а фенотип вказує на певний генний дефект.

Швидка та проста схема для надання достатньої клінічної інформації про вашого пацієнта

• Чіткий опис фенотипу – перелічіть ознаки та симптоми вашого пацієнта, а також укажіть те, що є нормальним для вашого пацієнта. Зробіть це ретельно. Іноді саме незвичайна функція є ключовою.
• Чи виглядає фенотип у вашого пацієнта синдромальним чи несиндромальним?
• Опишіть, коли та як у вашого пацієнта почалися симптоми
• Перелічіть, які види тестування вже було зроблено, і опишіть результати, включаючи нормальні.
• Опишіть сімейну історію хвороби.

Замовити аналіз:
Секвенування повного екзому

Автор: Марина Савельева
Молекулярный генетик, биоинформатик