Хромосомний мікроматричний аналіз - ХМА (Німеччина)

Хромосомний мікроматричний аналіз (ХМА, Array-CGH, Microarray) - молекулярно-генетичний метод аналізу варіацій числа копій ДНК, що дозволяє з максимальною точністю виключити хромосомну патологію у обстежуваного. Хромосомна патологія - будь-яке порушення числа та/або структури хромосом.

Хромосомний мікроматричний аналіз є потужним методологічним просуванням класичної цитогенетики. За допомогою ХМА делеції або дублікації геномних областей у хромосомному матеріалі та, таким чином, може бути діагностовано дисморфізм, відставання у розвитку, вади розвитку. Порівняно із звичайним хромосомним аналізом (каріотипом), де межа виявлення становить від 5 до 10 Мб, мікроматричний аналіз забезпечує виявлення геномних дисбалансів з діагностичною роздільною здатністю від 50 до 100кб.

Показання до проведення хромосомного мікроматричного аналізу

• Множинні вроджені вади розвитку

Найчастіше причиною множинних вад розвитку є середні та великі мікроделеції із залученням безлічі генів. Такі хромосомні зміни легко детектуються за допомогою ХМА.

• Неспецифічний, "широкий" фенотип

При неспецифічному фенотипі пацієнта вибір таргетної діагностичної панелі викликає труднощі. Повногеномні методи у цьому випадку мають переваги. ХМА визначає варіації копій усіх клінічно значимих генів.

• Затримка розвитку, аутизм та розумова відсталість

Найчастішою причиною аутизму, розумової відсталості та затримки розвитку є хромосомна патологія. ХМА в цьому випадку має високу діагностичну ефективність у порівнянні з іншими методами

• Інші показання до дослідження

- Низька вага при доношеній вагітності;
- Малі аномалії розвитку (особливості фенотипу);
- Аномальна будова статевих органів, невизначена стать;
- Виражені відхилення в рості (низький зріст, високий зріст) та розмірах голови (мікроцефалія, макроцефалія);
- Відставання у фізичному та статевому розвитку;
- Первинна або вторинна аменорея, або рання менопауза;
- Аномальна спермограма - азооспермія або виражена олігозооспермія;
- Клінічні прояви синдрому мікроструктурної аномалії;
- Виявлення маркерних хромосом або аномалій, що не ідентифікуються, при стандартному аналізі каріотипу;
- Аномальний каріотип у батьків


• Для уточнення інших аналізів:
- для більш точної характеристики цитогенетично доведених аберацій;
- для перевірки аберацій, які здаються збалансованими у клінічно помітних пацієнтів;
- для характеристики геномних перебудов;
- як додаткове дослідження до молекулярно-генетичних методів (наприклад, подальша характеристика результатів MLPA; перевірка результатів NGS, за необхідності)

Хромосомний мікроматричний аналіз та Каріотип

Традиційно першим тестом за підозри на генетичну патологію був каріотип. Але каріотип визначає лише ті хромосомні патології, що видно у мікроскоп. Сьогодні йому на зміну прийшов хромосомний мікроматричний аналіз, який у 800 разів чутливіший за каріотип і виявляє набагато більше патологічних змін у геномі. Хромосомний мікроматричний аналіз – найбільш економічний спосіб виявити хромосомну патологію та визначити тактику подальшого обстеження пацієнта.

Різні цитогенетичні методи

Виявивши мікроделеції та мікродуплікації в геномі пацієнта, хромосомний мікроматричний аналіз може виявити значні відхилення набагато меншого розміру, ніж звичайний каріотип. Звичайний хромосомний аналіз виявляє структурні геномні зміни лише у 3-4% обстежених пацієнтів із затримкою розвитку. Невелике поліпшення роздільної здатності може бути досягнуто за допомогою молекулярно-цитогенетичних методів, таких як флуоресцентна гібридизація in situ або скорочено FISH. За допомогою діагностики FISH попередньо визначені області геному спеціально аналізуються на наявність мікроделецій та мікродуплікацій. ХМА аналізує весь геном і, таким чином, може показати значно більше змін у геномі. Хромосомний мікроматричний аналіз може виявити причинні зміни у 15% пацієнтів, він може розв'язати неоднозначні випадки розумової відсталості або рідкісних синдромальних станів. З іншого боку, втрати чи придбання, виявлені під час аналізу хромосом, можна охарактеризувати точніше. За допомогою ХМА можна зробити кращю заяву про клінічну значущість (кореляція генотип-фенотип).

Методика ХМА

У методі ХМА (array-CGH - порівняльна геномна гібридизація на основі масиву) ДНК пацієнта та еталонна ДНК мітяться різними флуоресцентними барвниками та спільно гібридизуються на чіпі-носії з іммобілізованими фрагментами ДНК («зондами» або зондами). Ці зонди максимально поступово охоплюють геном людини. Чисельні зміни призводять до усунення кольору сигналу флуоресценції для окремих зондів. Ці сигнали реєструються за допомогою лазерного сканера та співвідносяться з відповідною хромосомною областю та відображаються за допомогою відповідного програмного забезпечення («молекулярне каріотипування»). Зазвичай ми використовуємо масив Agilent 180K з діагностичною роздільною здатністю >50kb. Після консультації також можливий аналіз окремих масивів із високим дозволом.

У деяких випадках за результатами ХМА може бути рекомендовано обстеження батьків або інших родичів пацієнта.

Лабораторія, що виконує ХМА

Лабораторія CeGat (Німеччина) постачає тільки результати найкращої якості. Щоб відповідати найвищим вимогам, вона виконує кожен крок процесу від отримання зразка до створення остаточного звіту власними силами. Діє за принципом чотирьох очей, тобто звіт обов'язково підписує генетик та лікар. Мета – надати найбільш докладні результати для пацієнтів та дані найвищої якості для подальших досліджень. Стандарти гарантують якість роботи: акредитація відповідно до DIN EN ISO 15189 як лабораторія генетичної діагностики людини та американські стандарти (CAP/CLIA).

Як пройти дослідження?

Вимоги здачі крові натще немає (легкий сніданок і незадовго до взяття крові випити 1-2 склянки звичайної негазованої води; дітей обов'язково напувати негазованою водою порціями, до 150-200 мл, протягом 30 хвилин), в день здачі крові не вживати медикаменти (включаючи вітаміни та БАД), напередодні виключити прийом смаженої та жирної їжі, виключити за 32 години алкоголь.

Проводиться забір венозної крові у вакуумну пробірку з EDTA К2 или К3 (фіолетова/бузкова кришка) 2*4 мл.

Необхідно надати (взяти з собою або надіслати нам на електронну пошту) висновок лікаря з детальною клінічною картиною (опис симтомів, діагноз/попередній діагноз) та фото досліджуваного пацієнта (якщо є фенотипно значущі особливості).

У всіх випадках за результатами аналізу необхідно отримати консультацію лікаря-генетика.